Darwin Help

Back to Index

CodonUsage

Function CodonUsage - Get Codon Usage for a particular amino acid

Calling Sequence  CodonUsage()
CodonUsage(dna)
Parameters
NameTypeDescription

dna stringcoding DNA
Return Type  list
Synopsis Get the codon usage for sequence of coding DNA. If no argument is give the function gets the codon usage for all entries in the loaded database.
Examples
> CodonUsage();
[[[GCA, 0], [GCC, 0], [GCG, 0], [GCT, 0]], [[AGA, 0], [AGG, 0], [CGA, 0], [CGC, 
0], [CGG, 0], [CGT, 0]], [[AAC, 0], [AAT, 0]], [[GAC, 0], [GAT, 0]], [[TGC, 0], 
[TGT, 0]], [[CAA, 0], [CAG, 0]], [[GAA, 0], [GAG, 0]], [[GGA, 0], [GGC, 0], [GGG
, 0], [GGT, 0]], [[CAC, 0], [CAT, 0]], [[ATA, 0], [ATC, 0], [ATT, 0]], [[CTA, 0]
, [CTC, 0], [CTG, 0], [CTT, 0], [TTA, 0], [TTG, 0]], [[AAA, 0], [AAG, 0]], [[ATG
, 0]], [[TTC, 0], [TTT, 0]], [[CCA, 0], [CCC, 0], [CCG, 0], [CCT, 0]], [[AGC, 0]
, [AGT, 0], [TCA, 0], [TCC, 0], [TCG, 0], [TCT, 0]], [[ACA, 0], [ACC, 0], [ACG, 
0], [ACT, 0]], [[TGG, 0]], [[TAC, 0], [TAT, 0]], [[GTA, 0], [GTC, 0], [GTG, 0], 
[GTT, 0]], [[XXX, 1]], [[TAA, 0], [TAG, 0], [TGA, 0]]]
See also CodonCount,   RSCU